Charakterizace kvasinkových jaderných RNA-vazebných proteinů v úpravách a degradaci RNA - Tikalová, Eva (2015)
Nekódující RNA prochází řadou posttranskripčních úprav. Jedním z klíčových faktorů je proteinový komplex exosom. Exosom se skládá z devíti podjednotek, které tvoří katalyticky neaktivní strukturu podobnou barelu. S exosomem interagují dva proteiny - exoribonukleáza Rrp6p a endo- a exo- ribonukleáza Rrp44p. Tyto dva proteiny se vážou na exosom nezávisle na sobě. Hlavním aktivátorem exosomu v jádře je komplex TRAMP. Tento komplex se skládá z nekanonické poly(A) polymerázy Trf4p/Trf5p, RNA vazebného proteinu typu zinkových prstů Air1p/Air2p a RNA helikázy Mtr4p. Mtr4p hraje rozhodující roli jako aktivátor RNA exosomu. Nedávné studie odhalily, že Mtr4p ve své struktuře obsahuje doménu podobnou „ramenu“. Tato doména je potřebná pro degradaci a procesování RNA, ale ne pro helikázovou aktivitu Mtr4p. Stále není zcela jasné, jak je funkce této domény spojená s funkcemi Rrp6p nebo s exonukleázovou aktivitou Rrp44p. V této práci studujeme genetickou interakci mezi doménou podobnou „ramenu“ a exo