Studium afinity DNA vazebných proteinů ke kvadruplexové DNA - Surmová, Jana (2015)
Sekvence schopné tvořit kvadruplexy se mohou vyskytovat na koncích telomer nebo v promotorových oblastech onkogenů. Je pravděpodobné, že tyto lokální struktury stabilizované záporným nadšroubovicovým vinutím mají důležitou funkci v různých procesech v buňce, a proto se staly cílem více studií. V poslední době bylo identifikováno mnoho proteinů, které se preferenčně vážou ke kvadruplexové DNA. Cílem bakalářské práce bylo studium afinity DNA vazebných proteinů ke kvadruplexové DNA. Pracovali jsme s proteinem IFI16, který je členem PYHIN rodiny proteinů. Pro proteiny patřící do této rodiny je charakteristická alespoň jedna HIN doména zabezpečující přímou vazbu k DNA a PYD doména zodpovědná za homotypické interakce proteinu s proteinem. IFI16 je nejen DNA senzorem, ale také účastníkem regulace genové exprese. Předpokládá se, že k regulaci může docházet přímou vazbou na DNA nebo interakcemi s transkripčními faktory. Ve vazebných experimentech jsme zkoumali afinitu IFI16 a jeho podjednotek H