Role transkripčních továren v organizaci vzdálených chromatinových interakcí u embryonálních kmenových buněk - Szarowská, Bára; Krontorád Koutná, Irena, 1973-; Masarykova univerzita. Ústav experimentální biologie (2015)
Na prostorové organizaci genomu se podílí obě formy chromatinu, aktivní euchromatin i inaktivní heterochromatin. Chromatin je v jádře uložen do specifických domén tvořících chromozomální teritoria. Oblasti jednotlivých domén i chromozomálních teritorií spolu mohou interagovat pomocí chromozomálních smyček, které vznikají z vláken aktivního euchromatinu. Re-lokalizace genomových oblastí do vzájemné blízkosti pomocí smyček je označována jako long-range interakce. Dočasná stabilita těchto interakcí může být zajištěna oblastmi s vysokou koncentrací transkripčních faktorů, např. v transkripční továrně. Tato diplomová práce je zaměřena na sledování long-range interakcí mezi lokusem genu Oct4 s vybranými genovými lokusy v lidských embryonálních kmenových buňkách. Dále se snaží popsat dynamiku jejich tvorby v závislosti na typu buněčné linie. V dalším kroku je pomocí inhibitorů RNA polymerázy II sledována role transkripčních továren v organizaci long-range interakcí. Popis vzniku a dynamiky ...
Both chromatin forms, active euchromatin and inactive heterochromatin, are involved in the spatial organization of the genome. In nucleus, the chromatin is localised in the specific domains clustered into chromosomal territories. Areas of individual domains and chromosomal territories can interact together via chromatin loops, which are formed by fibers of the active euchromatin. Relocation of two genomic regions into the mutual proximity by loops is known as long-range interactions. The temporary stability of these interactions may be maintained by high concentration of transcription factors, e.g. in the transcription factory. This thesis is focused on the monitoring of long-range interactions between the Oct4 gene locus and selected gene loci in human embryonic stem cells and it tries to describe the dynamics of their formation depending on the cell line. The next step involves the use of RNA polymerase II inhibitors to monitor the role of transcription factories in the organization ...
Vedoucí práce: Irena Krontorád Koutná
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2015
Keywords: embryonální kmenové buňky; chromatin; embryonic stem cells; Chromatin; diplomové práce; master's theses