Charakterizace bakteriofágů Staphylococcus sciuri - Zeman, Michal; Pantůček, Roman, 1969-; Masarykova univerzita. Ústav experimentální biologie. Oddělení genetiky a molekulární biologie (2015)
Byly analyzovány téměř kompletní genomy dvou nově popsaných temperovaných fágů φ575 a φ879 z klinických izolátů Staphylococcus sciuri. Délka genomů je 42 180 a 38X536 bp. Jejich 58 a 53 otevřené čtecí rámce jsou uspořádány do funkčních modulů kódujících sbalování, morfogenezi hlavičky a bičíku, lyzi, integraci a replikaci DNA. Podle struktury genomu a elektronové mikroskopie patří oba do čeledi Siphoviridae. Pomocí bioinformatické analýzy byla přiřazena předpokládaná funkce 33 z 58 a 32 z 53 genových produktů. Fágy φ575 a φ879 vykazují největší podobnost v modulech pro morfogenezi hlavičky a bičíku a pro replikaci DNA.
The draft genomes of two novel temperate Staphylococcus sciuri bacteriophages, φ575 and φ879 from clinical samples have been analysed. Genomes are 42 180 and 38 536 bp long. Their 58 and 53 open reading frames (ORFs) are arranged in functional modules encoding packaging, head and tail morphogenesis, lysis, integration and DNA replication. According to their genome structure and electron microscopy they both belong to Siphoviridae family. Bioinformatic analysis allowed us to assign putative function to 33 out of 58, and 32 out of 53 gene products respectively. Phages φ575 and φ879 show similarities mostly in modules for head-tail morphogenesis and DNA replication.
Vedoucí práce: Roman Pantůček
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2015
Keywords: bakteriofágy; genom bakteriální; Siphoviridae; Staphylococcus sciuri; bacteriophages; Genome, Bacterial; diplomové práce; master's theses