Computational modeling of lectin-saccharide interactions - Ryška, Jan (2014)
Interakce mezi proteiny a sacharidy hrají klíčovou roli v mnoha biologických procesech jako je například odstraňování glykoproteinů z krevního oběhu, buněčné rozpoznávání, interakce buněk imunitního systému nebo nádorové bujení a tvorba metastáz. Tato práce zkoumá možnosti studia interakcí mezi lektiny a sacharidy pomocí metod molekulového modelování. Bylo zjištěno, že testované programy pro molekulové dokování poskytovaly dobré výsledky pro residua zodpovědná za specificitu lektinu, avšak ve většině případů nebyly schopny předpovědět správnou konformaci celého oligosacharidu. Podrobněji jsme se věnovali multivalentnímu lektinu RSL z gram-negativní bakterie Ralstonia solanacearum. Charakterizovali jsme závislost výsledků molekulové dynamiky, MM/PBSA a MM/GBSA metod na zvolené hodnotě dielektrické konstanty. Přestože v průběhu molekulové dynamiky vazba ligandu do jednoho z šesti vazebných míst RSL stabilizovala trimerní strukturu proteinu, kooperativita vazby nebyla zjištěna.