Studies of nucleic acids using quantum chemical methods and computer simulations - Mládek, Arnošt (2014)
Předložená dizertační práce se zabývá vybranými fyzikálně-chemickými aspekty nukleových kyselin za pomoci moderních výpočetních metod kvantové chemie a molekulárně dynamických simulací. Těžištěm práce je studium elektronové struktury, konformačních preferencí a stability cukr-fosfátové páteře nukleových kyselin. Zbývající kapitoly jsou věnovány molekulárním interakcím formující nukleové kyseliny a aplikaci teoretických výpočetních metod založených na kvantové a klasické fyzice ke studiu struktury a dynamiky nukleových kyselin na atomární úrovni a pro pochopení příslušných fyzikálně-chemických aspektů. V neposlední řadě se práce zabývá lokalizací, porozuměním a opravou nedostatků silových polí druhé generace, které mají zásadní vliv na molekulárně dynamické simulace.