Utilization of free energy calculation methods in study of biomolecular processes - Kabelka, Ivo (2014)
Předložená diplomová práce se zaměřuje na studium dynamiky proteinů, zejména na studium skládání a změn konformace již složených proteinů. Skládání proteinů je životně důležitý proces, během kterého protein zaujme svůj funkční stav. I po správném složení proteinu však může docházet k významným změnám jeho prostorového uspořádání, které mohou dokonce ovlivnit vzájemnou polohu domén proteinu v prostoru. K těmto změnám dochází po delší dobu a mohou mít zásadní vliv na jeho funkci. Oba zmíněné procesy byly studovány za pomoci výpočetních metod: a) molekulové dynamiky a b) metod pro vylepšení vzorkování. Tato práce je rozdělena na dva samostatné projekty. První projekt byl započat během mého bakalářského studia a má za cíl studovat konformační změny restrikční endonukleázy BsoBI. Tato konformační změna, umožňující enzymu BsoBI navázání molekuly DNA, byla studována metodami molekulové dynamiky a metadynamiky a byl získán kvalitativní odhad změny volné energie spojené se zmíněnou změnou ...