Utilization of free energy calculation methods in study of biomolecular processes
Předložená diplomová práce se zaměřuje na studium dynamiky proteinů, zejména na studium skládání a změn konformace již složených proteinů. Skládání proteinů je životně důležitý proces, během kterého protein zaujme svůj funkční stav. I po správném složení proteinu však může docházet k významným změná...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2014
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/357312/prif_m/ |
| Shrnutí: | Předložená diplomová práce se zaměřuje na studium dynamiky proteinů, zejména na studium skládání a změn konformace již složených proteinů. Skládání proteinů je životně důležitý proces, během kterého protein zaujme svůj funkční stav. I po správném složení proteinu však může docházet k významným změnám jeho prostorového uspořádání, které mohou dokonce ovlivnit vzájemnou polohu domén proteinu v prostoru. K těmto změnám dochází po delší dobu a mohou mít zásadní vliv na jeho funkci. Oba zmíněné procesy byly studovány za pomoci výpočetních metod: a) molekulové dynamiky a b) metod pro vylepšení vzorkování. Tato práce je rozdělena na dva samostatné projekty. První projekt byl započat během mého bakalářského studia a má za cíl studovat konformační změny restrikční endonukleázy BsoBI. Tato konformační změna, umožňující enzymu BsoBI navázání molekuly DNA, byla studována metodami molekulové dynamiky a metadynamiky a byl získán kvalitativní odhad změny volné energie spojené se zmíněnou změnou ... This diploma thesis is focused on the study of protein dynamics, especially on the protein folding and conformational changes of proteins in already folded state. Folding is a vitally important process during which a protein assumes its intended, functional shape. Once correctly folded, proteins may undergo large conformational changes that can even affect the spatial arrangement of their domains. These conformational changes occur on relatively long time scales and may be crucial for the protein function. Both of these processes were studied by computational approaches: a) by molecular dynamics simulations and b) enhanced sampling methods. This work contains two separate projects. The first project, started during my bachelor studies, is focused on conformational changes of the BsoBI restriction enzyme. The conformational change of the BsoBI enzyme, allowing the DNA binding, was described by molecular dynamics and metadynamics simulations and with that we were able to obtain the ... |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Petr Kulhánek |
| Fyzický popis: | 96 l. |