Vliv optimalizace struktur na kvalitu QSPR modelů predikujících pKa - Petrusek, Lukáš (2014)
Disociační konstanta pKa je jednou ze základních fyzikálně chemických vlastností molekul. Tato práce se zaměřuje na predikci disociačních konstant, konkrétně analyzuje vliv struktur molekul na přesnost uvedené predikce. K predikci pKa jsme použili QSPR (Quantitative structure-property relationship) modely využívající empirické či kvantově mechanické (QM) náboje. V průběhu práce byla vytvořena tréninková sada, která se skládala ze 4 typů molekul (aniliny, benzoové kyseliny, karboxylové kyseliny, fenoly). Pro tyto molekuly byly získány čtyři různé struktury, které byly optimalizovány s využitím 3 silových polí (UFF, MMFF95 a MMFF94-EEM). Pro každou strukturu jsme napočítali 3 druhy empirických nábojů EEM metodou a 3 druhy QM nábojů. Z těchto struktur a nábojů bylo vytvořeno celkem 576 QSPR modelů. Z připravených QM QSPR modelů dosahovalo 89 % akceptovatelnou kvalitu (R2 > 0,8), u EEM QSPR modelů mělo stejnou kvalitu pouze 42,7 %. Kritéria kvality modelů ukazují, že pro struktury získané ...