Analýza glykoproteinů pomocí hmotnostní spektrometrie
Předmětem diplomové práce je problematika analýzy glykoproteinů pomocí MALDI-TOF MS. Koncentrační rozsah glykoproteinů v biologickém materiálu, který může být až 12 řádů, není schopna současná instrumentace využívaná pro proteomiku pokrýt. Problémem může být také potlačení ionizace glykoproteinů/gly...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2014
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/356502/prif_m/ |
| Shrnutí: | Předmětem diplomové práce je problematika analýzy glykoproteinů pomocí MALDI-TOF MS. Koncentrační rozsah glykoproteinů v biologickém materiálu, který může být až 12 řádů, není schopna současná instrumentace využívaná pro proteomiku pokrýt. Problémem může být také potlačení ionizace glykoproteinů/glykopeptidů jako minoritní složky vzorku. Z toho důvodu je důležitá jejich frakcionace. Cílem této práce bylo nalézt vhodný frakcionační postup pro analýzu rostinných glykoproteinů. Jako testovací vzorek byl vybrán izolát patatinů (zásobních proteinů z brambor), u kterých byla prokázána přítomnost N-glykosylace. Nejdříve byla vybrána vhodná MALDI matrice pro analýzu glykopeptidů. Poté byly v práci testovány komerční frakcionační kity od společností Novagen, GE Healtcare a Clontech, které však nepřinesly očekávané výsledky. Následně byl otestován postup FASP/FACE s využitím různých lektinů: concanavalinu A, AFL (izolován z Aspergillus fumigatus), RSL (izolován z Ralstonia solanacearum) a BclA ( This thesis is focused on the analysis of glycoproteins using MALDI TOF MS. Concentration range of glycoproteins in the biological material can be up to 12 orders of magnitude and it is impossible to cover this range with instrumentation currently used in proteomic research. The suppressed ionization of glycoproteins/glycopeptides can also be a problem, as they are minor constituents of the sample. It is therefore necessary to fractionate them. The aim of this work was to find a suitable fractionation procedure for the analysis of plant glycoproteins. As the test sample, an isolate of patatins (potato storage N-glycosylated protein) was selected. First, a suitable MALDI matrix was chosen for the analysis of glycopeptides. Then, the commercial fractionation kits produced by Novagen, GE Healtcare and Clontech were tested, however, they did not yield expected results. Subsequently, the procedure of FASP/FACE was tested, using different lectins: concanavalin A, AFL (isolated from Aspergill |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Ondrej Šedo |
| Fyzický popis: | 84 l. : il. |