Effect of guanine to inosine substitution on stability of canonical DNA and RNA duplexes - Krepl, Miroslav (2014)
Substituce guaninu za inosin (G->I) je často používanou metodou pro studium fyzikálně-chemických vlastností nukleových kyselin. Inosin se od guaninu primárně odlišuje pouze absencí atomové skupiny N2. Jejich elektrostatické potenciály jsou si podobné. Substituce G->I představuje tedy vhodnou metodu pro studium strukturních a termodynamických důsledků plynoucích z přítomnosti či absence jediné vodíkové vazby a atomové skupiny. Nedávné experimenty nicméně prokázali, že vliv substituce G->I na volnou energii molekuly se výrazně liší u B-DNA a A-RNA kanonických helixů. To naznačuje, že rozdíl ve volné energii zde existuje nejen na základě energie jedné vodíkové vazby, ale je rovněž závislý na celkovém kontextu molekuly. Touto rigorózní prací doplňujeme současné experimentální údaje o teoretické výpočty volné energie prováděné pomocí metody termodynamické integrace na základě molekulově dynamických simulací v explicitním solventu. Naše výpočty správně reprodukují kvalitativní rozdíl ve ...