Určení vztahu mezi sekvencemi v blízkosti klastrovaných miRNA a jejich expresí - Oppelt, Jan (2013)
Cílem této diplomové práce bylo naleznout faktory, které mohou regulovat expresi miRNA, a určit jejich vliv za využití dat ze sekvenátorů příští generace. Jako nejlepší model byly vybrány klastrované miRNA, protože sdílí společnou transkripční část, a jejich finální množství je regulováno až později. V průběhu práce jsem úspěšně vypracoval a aplikoval vhodný postup pro získání informací o genové expresi miRNA z hrubých sekvenačních dat. Použil jsem 31 vhodných veřejně dostupných osekvenovaných vzorků lidských buněčných linií a vytvořil jsem miRNA klustery. Získaná data byla použita k identifikaci vlivu stanovených parametrů v blízkosti miRNA genů na jejich expresi. Výsledkem této práce je objasnění zákonitostí exprese klastrovaných miRNA. Získaná fakta nám mohou pomoci pochopit jakým způsobem je regulována hladina miRNA v organismu