Predikce metabolismu léčiv cytochromy P450 - Brumovský, Miroslav (2013)
Predikce metabolismu xenobiotik představuje klíčovou oblast při vývoji a testování léků, kosmetických přípravků, doplňků stravy a agrochemikálií. Metabolismus xenobiotik je možné rozdělit do několika fází. V první fázi metabolismu hrají důležitou roli enzymy cytochromy P450 (CYP). Kvůli jejich značné flexibilitě je predikce reaktivity jejich substrátů pomocí structure-based přístupu náročným úkolem. Proto současné predikční algoritmy využívají zejména ligand-based metod. Cílem této práce je prozkoumat strategie pro predikci míst metabolismu substrátů CYP pomocí molekulárního dokování. Za tímto účelem bylo provedeno dokování do jednotlivých krystalových struktur izoformy CYP 2C9 pocházejících z rentgenové krystalografie a ensemblu struktur, získaných z molekulové dynamiky. Knihovna dokovaných molekul obsahovala 225 molekul léčiv se známými místy metabolismu. Predikce místa metabolismu byla vyhodnocena na základě vzdálenosti mezi potenciálním místem metabolismu a katalytickým atomem žele