Studium strukturní dynamiky a foldingu kvadruplexové DNA počítačovými metodami - Stadlbauer, Petr (2013)
Provedli jsme molekulově dynamické simulace s explicitním zahrnutím molekul solventu k doplnění předchozích experimentálních a výpočetních studií foldingu guaninových kvadruplexů (G-DNA). Nejprve jsme iniciovali unfolding několika různých G-DNA jejich simulováním v podmínkách bez přítomnosti kationtů, poté jsme se snažili takto porušené struktury zfoldovat zpět simulováním v přítomnosti iontů. Byl pozorován rozdílný mechanismus mezi kvadruplexy s all-anti uspořádáním stemu a těmi obsahujícími směs syn a anti nukleotidů. Pro all-anti stemy je charakteristický vzájemný vertikální posun řetězců. Takto vznikají během unfoldingu útvary se sníženým počtem tetrád a během foldování se naopak snižuje míra vzájemného posunutí řetězců. Přítomnost opačně orientovaných syn nukleotidů zabraňuje tomuto vzájemnému vertikálnímu posunu, a proto u antiparalelních a hybridních kvadruplexů probíhá unfolding oddělováním jednotlivých řetězců. Simulace potvrzují schopnost těchto molekul zaujímat spoustu špatn