Strukturní studie DNA oligonukleotidů obsahujicích abazické místo a 8-oxoguanin - Zálešák, Jan; Krejčí, Lumír, 1972-; Masarykova univerzita. Národní centrum pro výzkum biomolekul (2013)
V této diplomové práci se zabýváme vícečetnými DNA poškozeními, tzv. klastry (multiple [clustered] damaged site). Jsou to mutagenní, vysoce cytotoxické a obtížně opravitelné modifikace DNA tvořené dvěma nebo více místy poškození v jedné helikání otočce, které vznikají působením ionizujícího záření. Jejich opravu provádí enzymy opravného mechanizmu excize bazí (base excision repair, BER) a druhy poškození, které se nejčastěji vyskytují v klastrech, jsou 7,8-dihydro-8-oxoguanin, abazické místo (2`-deoxyribosa [AP], a 2`-deoxyribonolakton [dL]) a 5,6-dihydroxy-5,6-dihydrothymin. Konkrétní zastoupení, vzájemná pozice a orientace jednotlivých poškození má zásadní vliv na rozpoznání a opravu klastru a na případné biologické důsledky neopraveného poškození. Naším cílem bylo zacelit mezeru ve vědeckém poznání v oblasti jejich struktury a jejího vlivu na procesy opravy klastrů opravnými enzymy. Pomocí protonové nukleární magnetické rezonance (1H NMR) jsme zkoumali struktury oligonukleotidů obsa
Multiple (clustered) DNA damage sites are mutagenic, highly cytotoxic lesions, defined as two or more lesions within one helical turn of a DNA molecule, being caused by ionizing radiation and known to be very difficult to repair. Clustered lesions are repaired by base excision repair (BER) enzymes and the DNA modifications most abundant in clusters are 7,8-dihydro-8-oxoguanine, abasic sites (2`-deoxyribose [AP] and 2`-deoxyribonolactone [dL]) and 5,6-dihydroxy-5,6-dihydrothymine. Biological outcomes, recognition and repair mechanisms are strongly dependent on the type, relative position and orientation of the lesions present in the cluster. Our aim was to overcome the paucity of scientific data regarding the structure of the clusters and its impact on repair mechanisms. Using 1H NMR spectroscopy, we elucidated structures of oligonucleotides containing clusters in sequential context found to be, in one case, completely repaired by Fpg repair protein, while in another one, the repair of
Vedoucí práce: Lumír Krejčí
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013
Keywords: abazické místo; DNA (nukleová kyselina); Fgp protein; fyzika klastrů; molekulární modelování; nukleární magnetická rezonance; poškození DNA; 8-oxoguanin; abasic site; cluster physics; deoxyribonucleic acid; molecular modeling; nuclear magnetic resonance; DNA Damage; diplomové práce