MD simulace a NMR studium nekovalentních interakcí: Kvadruplexy a další supramolekulární útvary - Novák, Martin (2013)
Nekovalentní interakce jsou v přírodě mimořádně důležité. Ačkoli jsou řazeny mezi slabé, jsou to bezpochyby síly, které jsou zodpovědné za molekulární agregace, rozpoznávání a skládání biomolekul. V této práci byla použita metoda teorie funkcionálu hustoty (DFT) k ohodnocení vlastností stavebních bloků odvozených od guaninu a xanthinu ve čtyřřetězcových agregátech a srovnání s jejich 6-thio deriváty. Získané výsledky naznačují, že substituce síry za kyslík v centrálním póru jsou v navržených případech nevýhodné. Efekt substituce adeninu za guanin na první pozici ve čtyřnásobné repetici telomerní sekvence obratlovců, d[GGG(TTAGGG)3], byl jako modelový systém poškození DNA studován experimentálně pomocí metod NMR spektroskopie s vysokým rozlišením a výsledky byly porovnány s MD simulacemi. Ze získaných dat pro tento oligonukleotid lze vyvodit, že v prostredí Na+ iontů je přítomen v košíčkovém typu kvadruplexu, který je blízko místa léze relativně flexibilní a za experimentálních podmínek