Kvantifikace proteinů pomocí hmotnostní spektrometrie - Srbová, Eva (2013)
Dimethylace je účinná metoda relativní kvantifikace hmotnostní spektrometrií, která využívá značení stabilními izotopy. Probíhá jednoduchým mechanismem, kdy reaguje formaldehyd s N-koncem nebo postranním řetězcem lysinu a vzniká Schiffova báze, která je redukována kyanoborohydridem sodným. Kombinací těchto sloučenin - izotopicky značených a neznačených - lze kvantifikovat až pět vzorků najednou. V této práci byla dimethylace použita ve spojení s metodou přípravy vzorku FASP, která využívá „cut off“ filtry pro separaci proteinů od nízkomolekulárních látek s následným štěpením proteinů trypsinem přímo na filtru. Naštěpené peptidy jednotlivých vzorků jsou následně naznačeny příslušnou značkou, smíchány a kvantifikovány pomocí hmotnostní spektrometrie. Cílem této práce bylo porovnat variabilitu jednotlivých kroků při zpracování vzorku před samotnou hmotnostně spektrometrickou analýzou. Naše výsledky prokázaly, že zásadním zdrojem variability není dimethylace, ale příprava biologických repl