Charakterizace genů a repetitivní DNA u Rumex acetosa - dvoudomé rostliny s pohlavními chromosomy - Tokan, Viktor; Kejnovský, Eduard, 1966-; Masarykova univerzita. Ústav experimentální biologie (2013)
Rumex acetosa je dvoudomá rostlina s determinací pohlaví typu Drosophila tedy poměrem chromozomů X ku sad autozomů. Samičí rostlina má 12 autosomů a XX, zatímco samčí rostlina má sestavu pohlavních chromosomů XY1Y2. Již dříve bylo prokázáno, že oba Y chromozomy jsou značně degenerované a že silně kumulují tandemové repetice (RAYSI-III). V této práci jsem systematicky mapoval chromozomální lokalizaci všech hlavních skupin tandemových repeticí a transpozonů v genomu R. acetosa metodou FISH. Určil jsem lokalizaci dvou nových tandemových repeticí RA160 a RA690. V genomu převažují retrotranspozony Copia, které jsou distribuovány na všech autozomech a chromozomu X, avšak na obou chromozomech Y je jich podstatně méně nebo takřka žádné. Naopak tři Gypsy elementy jsou vůči autozomům akumulovány na obou chromozomech Y a naopak vykazují úbytek na X chromozomu. Taková distribuce transpozonů je v rozporu s obecným modelem akumulace repeticí v nerekombinujících oblastech genomů.
Rumex acetosa is a dioecious plant with sex determination system, of Drosophila type based on X chromosomes / sets of autosomes ratio. Females have 12 autosomes and XX, whereas males, have XY1Y2 sex chromosomes. It has been already shown that both Y chromosomes are degenerated, and that they strongly accumulate tandem repeats (RAYSI-III). In this study I have been systematically mapping chromosomal localization of the main tandem repeats and transposable elements in the genom of R. acetosa using FISH. I have determined localization of two new tandem repeats RA160 and RA690. Copia retrotransposons are the most abundant in the genom and distributed on all chromosomes apart of both Y chromosomes. On the other hand, only three Gypsy elements are accumulated on both Y chromosomes compared to autosomes, and in contrast less present on X chromosome. Such distribution of transposons does not agree with general model of accumulation of repeats in nonrecombining regions of genomes.
Vedoucí práce: Eduard Kejnovský
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013
Keywords: pohlavní chromozomy; šťovík; tandemové repetitivní sekvence; transpozibilní elementy DNA; Rumex; Sex Chromosomes; Tandem Repeat Sequences; DNA Transposable Elements; diplomové práce; master's theses