Analýza tunelů a pórů v proteinech - Špačková, Eliška (2013)
Cílem mé bakalářské práce bylo nastudovat tématiku detekce volných prostor v proteinech s důrazem na detekci tunelů, jakožto trajektorií přístupových cest ligandů do nitra proteinu. Následně pak v rámci literární rešerše najít již publikované a anotované tunely a srovnat je s výsledky poskytnutými nástrojem MOLE 2.0 vyvíjeným v Národním centru pro výzkum biomolekul (NCBR). V publikační rešerši jsem nalezla přes 50 publikací, ve kterých autoři použili software pro detekci tunelů. V těchto datech bylo popsáno zhruba 30 různých proteinů, protkaných sítí různých tunelů v závislosti na substrátové nebo produktové specificitě. Veškerá takto získaná data byla přepočítaná pomocí MOLE 2.0 a anotované výsledky byly uloženy v databázi. Data získaná touto literární rešerší byla použita k validování nástroje MOLE 2.0.