Studium interakcí biomolekul za pomocí molekulového modelování - Machová, Daniela (2013)
V první části této bakalářské se věnuji zejména amyloidu β, který hraje patologickou roli při vzniku Alzheimerovy choroby a metabolismu lipidů. Amyloid β je hlavní složkou senilních plaků nalezených v mozku pacientů s Alzheimerovou chorobou a jeho tvorba může být stimulována cholesterolem. Zejména tedy 24(S)hydroxycholesterolem, jež je jeden z mála oxysterolů, které mohou procházet přes hematoencefalitickou bariéru a stimulovat β-sekretasu, jejímž působením na amyloidní prekursorový protein, vzniká právě amyloid β. Také se věnuji souvislosti Alzheimerovy choroby s apolipoproteinemE. V druhé části je věnována pozornost studiu interakcí amyloidu β s 24(S)hydroxycholesterolem pomocí molekulového modelování. Na souboru 5 modelů byla zkoumána různá vazebná místa na amyloidu β, díky kterým může docházet k vazbě 24(S)hydroxycholesterolu. Byly provedeny 50 ns dlouhé simulace, pomocí nástrojů softwarového balíčku AMBER, na základě kterých byla provedena následná analýza.