Studium nestrukturovaných proteinů metodami molekulového modelování - Dvořáková, Libuše (2013)
V této bakalářské práci jsem se zaměřila na porovnání fosforylované a nefosforylované molekuly enzymu kasein kinasa1, a to její isoformy ε. Kasein kinasa patří do skupiny transferáz, které přenášejí funkční skupiny. V případě kasein kinasy1 dochází k přenosu fosfátů. Tento enzym v C-koncích vykazuje nepřítomnost sekundárních struktur, a tudíž jej můžeme zařadit mezi nestrukturované proteiny. Působení CK1 v organismu je rozsáhlé, účastní se řady biologicky důležitých drah. Pomocí metod molekulového modelování, za použití programového balíku AMBER, byla provedena analýza MD trajektorií těchto dvou molekul, za účelem zjistit, jaký vliv má vazba fosforu na molekulu CK1. Pomocí výpočetních metod byla analyzována stabilita molekul, výskyt sekundárních struktur, případná změna torzních úhlů, fluktulace molekul.