Functional and structural study of RNA-binding proteins involved in RNA metabolism - Bačíková, Veronika (2013)
RNA-vázající proteiny se aktivně účastní transcripce a maturace RNA a jsou tak nedílnou součástí živé buňky. Tato práce se zabývá proteiny rozpoznávající RNA a snaží se je představit jako velmi rozmanitou skupinu. Domény rozpoznávající RNA jsou sice relativně malé a jejich typů není mnoho, přesto si osvojily schopnost vázat různé sekvence a struktury RNA molekul. Pomocí přídavných strukturovaných elementů nebo kombinací několika domén současně je umožněno rozpoznávat delší sekvence RNA a dosáhnout tak větší specificity interakce. Tato práce se zaměřuje na kvasinkový protein Nrd1, který obsahuje kromě RNA-rozpoznávajícího motivu také přídatnou doménu se smyčkami a helixy, a díky tomu dokáže vázat různé RNA sekvence. Pro strukturní studium proteinu jsme použili nukleární magnetickou rezonanci a metodou fluorescenční anisotropie jsme charakterizovali vazbu RNA. Význam aminokyselin interagujících s RNA byl potvrzen jak in vitro pomocí fluorescenční anisotropie tak fenotypickou analýzou in