Molecular interventions of peptides and small molecules: a structural study - Bathula, Sreenivas Reddy; Sklenář, Vladimír, 1951-2024; Masarykova univerzita. Středoevropský technologický institut (2013)
Práce je zaměřena na skládání bílkovin a interakce proteinů s peptidy a malými molekulami v kontextu jejich buněčných funkcí. Některé studované bílkoviny jsou součástí větších komplexů, jejichž disfunkce mohou způsobovat různé nemoce, včetně rakoviny a cukrovky. Studium vlastností proteinových rozhraní proto pomáhá vysvětlit jejich biologické role. Smc5-6 proteinový komplex se podílí na buněčné odpovědi na poškození DNA. Skládá se z 6-8 polypeptidů. Nse1, Nse3 a Nse4 proteiny tvoří pevný subkomplex velkého Smc5-6 komplexu. Lidský NSE3/MAGEG1, savčí ortolog Nse3 je původní člen rodiny MAGE (melanomasociovaný antigen) proteinů a Nse4 kleisinová podjednotka je příbuzná rodině EID (E1A-jako inhibitor diferenciace) proteinů. Nedávno jsme ukázali, že lidské MAGE proteiny mohou interagovat s proteiny NSE4/EID prostřednictvím jejich charakteristicky konzervovaných hydrofobních kapes. Pomocí NMR jsme studovali strukturu MAGE homologní domény a její interakce s ...
This thesis is focused on protein folding and interactions of peptides and small molecules, in a context of their cellular functions. The proteins studied were part of bigger complex, dysfunctions of which may cause several diseases including cancer and diabetes. Studying the interface properties of proteins explains their role in the interaction networks essential for their biological function. The SMC 5-6 protein complex is involved in the cellular response to DNA damage. It is composed of 6-8 polypeptides. The Nse1, Nse3 and Nse4 proteins form a tight sub-complex of the large SMC 5-6 protein complex. Human NSE3/MAGE-G1 the mammalian ortholog of Nse3 is the MAGE (melanoma-associated antigen) protein family founding member. The Nse4 kleisin subunit is related to the EID (E1A-like inhibitor of differentiation) family of proteins. We have recently shown that human MAGE proteins can interact with NSE4/EID proteins through their characteristic conserved hydrophobic pocket. Using
Vedoucí práce: Vladimír Sklenář
Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013
Keywords: lindan; MAGE; magnetická rezonanční tomografie; melanomové antigeny; molekulární dynamika; peptidy; Trp-cage; tryptofan; lindane; magnetic resonance tomography; molecular dynamics; peptids; tryptophan cage; tryptophan; Melanoma-Specific Antigens; disertace