Strukturní studie platinovaného DNA hairpinu pomocí NMR spektroskopie a výpočetních metod - Šmiřáková, Eliška (2012)
Cílem této diplomové práce je strukturní studie interakce DNA hairpinu (vlásenkové struktury) s jedním z derivátů cisplatiny. Cisplatina je protirakovinný lék, široce používaný v léčbě rakoviny varlat, přičemž jeho účinnost je asi 95% u diagnostikovaných případů. Úspěch cisplatiny a skutečnost, že léčba touto protinádorovou látkou je doprovázena různými nepříznivými vedlejšími účinky, vedla k hledání dalších modifikací cisplatiny s lepšími farmakologickými vlastnostmi. Jedním z cisplatinových derivátů je dichlor-1,2-diaminocyklohexan platnatý komplex, který se může vyskytovat v několika izomerních formách. Předmětem výzkumu v tomto projektu je RR- izomerní konformace tohoto komplexu (RR-DACH). V této práci jsou studovány základní strukturní rysy interakce DNA vlásenky, tvořené 22 bázemi a obsahující smyčku čtyř thyminů, s dichlor-1,2-diaminocyklohexan platnatým komplexem. Struktura je vypočítána na základě experimentálních dat získaných z NMR měření, která jsou dále využita ve výpočtech molekulární dynamiky. Hlavním cílem tohoto projektu je zkoumat, jakým způsobem a do jaké míry je struktura DNA ovlivněna interakcí s RR-DACHem.