Druhová determinace streptokoků molekulárně-biologickými metodami u pacientů s infekční endokarditidou - Kubasová, Tereza; Freiberger, Tomáš, 1970-; Masarykova univerzita. Ústav experimentální biologie (2012)
Infekční endokarditida (IE) je vzácné, život ohrožující infekční onemocnění endokardu. Ačkoliv jsou streptokoky druhou nejčastější příčinou IE, standardní metody druhové identifikace streptokoků a jejich nutričních variant nejsou dostačující. Výskyt streptokokových IE může být navíc v důsledku antibiotické terapie standardními kultivačními metodami podhodnocen. Spektrum deklarovaných druhů streptokoků způsobujících IE v České republice proto může být zkreslené. Vhodnou alternativou stanovení etiologie IE se jeví molekulárně-biologické metody, které umožňují přímý záchyt DNA patogenního agens bez nutnosti jeho kultivace. Cílem této diplomové práce bylo nalezení vhodné variabilní oblasti genu 16S rDNA, která by umožnila druhové rozlišení klinicky významných streptokoků. V práci byly porovnány sekvence tohoto genu u 32 druhů streptokoků a jim příbuzných bakterií. Jako nejvhodnější oblasti pro druhové rozlišení byly prokázány variabilní oblasti V2-V6.
Infective endocarditis (IE) is an uncommon, life-threatening infective disease of the endocardium. Although streptococci are among the most common causes of IE, standard methods of species identification of streptococci and their nutritional variants are not sufficient. The incidence of streptococcal IE may also be underestimated due to false negative results of culture tests in patients under antibiotic therapy. Therefore the epidemiology of streptococcal IE in the Czech Republic may be inaccurate/incomplete. PCR-based methods seem a suitable alternative to determine the etiology of IE. The aim of the study was to find a variable region of 16S rDNA, suitable for distinguishing streptococci to species level. In this study, 32 16S rDNA sequences of reference streptococcal strains were compared. The most suitable regions for their determination were variable regions V2-V6.
Vedoucí práce: Tomáš Freiberger
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2012
Keywords: infekční endokarditida; streptokoky; 16S rDNA; infective endocarditis; Streptococcaceae; 16S rRNA; diplomové práce; master's theses