Mapování kandidátních lokusů pro typování a fylogenetickou analýzu v genomu Treponema pallidum
Treponema pallidum je gramnegativní bakterie z čeledi Spirochaetaceae, která je obligátním patogenem člověka. Tento druh zahrnuje tři poddruhy (subsp. pallidum, pertenue a endemicum) způsobující různá onemocnění s podobnými symptomy a epidemiologií. Jednotlivé poddruhy není možné vzájemně odlišit mo...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2012
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/222912/prif_m/ |
| Shrnutí: | Treponema pallidum je gramnegativní bakterie z čeledi Spirochaetaceae, která je obligátním patogenem člověka. Tento druh zahrnuje tři poddruhy (subsp. pallidum, pertenue a endemicum) způsobující různá onemocnění s podobnými symptomy a epidemiologií. Jednotlivé poddruhy není možné vzájemně odlišit morfologicky ani sérologicky a jejich genomy vykazují nezvykle vysokou míru podobnosti. Ze srovnání celogenomových sekvencí čtyř kmenů druhu T. pallidum (Nichols, SS14, Mexico A, Samoa D) byly vybrány čtyři lokusy, které nesly největší sekvenční variabilitu. Jednalo se o lokusy TP0304, TP0346, TP0515 a TP0558. Ty byly následně amplifikovány v celé délce čtecího rámce a sekvenovány Sangerovou dideoxyterminátorovou metodou u typových kmenů zástupců T. pallidum subsp. pallidum (n=11), T. pallidum subsp. pertenue (n=5), T. pallidum subsp. endemicum (n=2), T. paraluiscuniculi (n=1) a nezařazeného opičího izolátu Fribourg-Blanc (n=1). Treponema pallidum is a Gram-negative bacterium of the family Spirochaetaceae which is an obligate human pathogen. This species includes 3 subspecies (subsp. pallidum, pertenue and endemicum) that cause different diseases with similar symptoms and epidemiology. T. pallidum subspecies can not be differentiated by either morphological or serological methods and their genomes revealed high degree of similarity. From the comparison of 4 complete genome sequences of the T. pallidum strains (Nichols, SS14, Mexico A, Samoa D), 4 loci with the highest sequence variability were selected (TP0304, TP0346, TP0515 and TP0558). These loci were completely sequenced using Sanger’s dideoxytermination method. The investigated strains included type strains of T. pallidum subsp. pallidum (n=11), T. pallidum subsp. pertenue (n=5), T. pallidum subsp. endemicum (n=2), T. paraluiscuniculi (n=1) and simian strain Fribourg-Blanc (n=1). |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: David Šmajs |
| Fyzický popis: | 72 l. |