Strukturní charakterizace vybraných nukleáz - Kabelka, Ivo (2012)
Předkládaná bakalářská práce je zaměřena na studium enzymu BsoBI a jeho komplexu s DNA. V práci byl kladen důraz především na popis konformačních změn, umožňujících molekule DNA přístup do vazebného místa a vytvoření komplexu. Pro studium bylo využito výpočetních metod, zahrnujících zejména molekulovou dynamiku a metadynamiku. Provedením několika simulací bylo prokázáno, že enzym BsoBI může v nepřítomnosti molekuly DNA existovat ve stabilní konformaci, při které dochází k oddálení dvou katalytických domén. Tímto je umožněn molekule DNA přístup do vazebného místa. Po navázání molekuly DNA do vazebného místa je pak preferována uzavřená konformace, při níž dochází k úplnému obklopení molekuly DNA enzymem.