Structure and dynamics of RNA - Beššeová, Ivana, 1984- (2012)
Práce je zaměřena na studium RNA duplexů a několik RNA motivů, konkrétně, trojcestných rozhraní (three-way junction), kink-turnů a vnitřních UAA/GAA smyček, s pomocí molekulově-dynamických simulací. Práce zahrňuje studii geometrie a dynamiky kanonických dvoušroubovic RNA za různých fyziologických koncentrací iontů a použití několika verzí silového pole AMBER pro RNA i pro solvatující molekuly vody. Studie inovativně popisuje sekvenční závislost geometrie duplexů na koncentraci solí. Práce poskytuje detailní náhled na strukturu a dynamiku vybraných sekundárních a terciárních RNA motivů na nanosekundové škále a pro některé z nich navrhuje možné role v biologických procesech.