Strukturně specifická vazba proteinu p53, jeho mutant a homologů na DNA - Němcová, Kateřina (2012)
V předkládané disertační práci jsou prezentovány výsledky několika tematických studií zaměřených na zkoumání problematiky strukturně specifických interakcí proteinů rodiny p53 s DNA, a to zejména standardní formy p53 (wt p53) o plné délce, různých „hot spot“ mutantních forem p53 (mut p53) a dále vybraných izoforem proteinu p73. První studie se zabývá srovnáváním interakcí wt p53 a vybraných „hot spot“ mut p53 s nadšroubovicovou DNA za podmínek změny redoxního stavu zkoumaných proteinů a vlivu vazby specifických monoklonálních protilátek. Metodou horizontální elektroforézy v agarózovém gelu byla analyzována zejména role jednotlivých DNA-vazebných domén testovaných proteinů. Ve druhé studii byla demonstrována upotřebitelnost metody imunoprecipitace komplexů protein-DNA na paramagnetických částicích v kombinaci s následnou elektrochemickou analýzou jako alternativního nástroje ke studiu DNA-vazebných aktivit proteinu p53. K tomu byly využity jednak rozdíly v elektrochemických vlastnostech neznačené nadšroubovicové a lineární plazmidové DNA, díky nimž bylo možno sledovat preferenční vazbu proteinu p53 na jednu z těchto forem v závilosti na různých faktorech (přítomnost specifické sekvence, dostupnost C-terminální DNA-vazebné domény proteinu). Dále byla zavedena metoda využívající oligonukleotidové sondy značené komplexem osmia jako indikátoru vazby p53 k různým neznačeným DNA substrátům, opět v závislosti na různých faktorech ovlivňujících tuto vazbu. Třetí studie byla zaměřena na interakci proteinu p73 s plazmidovými DNA, zejména na srovnání vazebných vlastností izoforem p73α, p73β, p73γ a p73δ, lišících se délkou a složením C-koncové domény.