Úloha repetitívnych sekvencií DNA v evolúcii pohlavných chromozómov rastlín - Čermák, Tomáš, 1983- (2011)
Pro všechny organizmy s genetickým určením pohlaví je charakteristické hromadění repetitivních sekvencí na nerekombinujícím pohlavním chromozomu. Zvlášť výrazné je na evolučně starých pohlavních chromozomech savců. S cílem objasnit roli repeticí v evoluci pohlavních chromozomů jsme studovali repetitivní sekvence u Silene latifolia, modelového dvoudomého rostlinného druhu s evolučně mladými heteromorfními pohlavními chromozomy. Z genomové knihovny byly izolovány všechny hlavní typy repeticí v genomu S. latifolia a poté bylo sledováno jejich rozložení na chromozomech pomocí fluorescenční in situ hybridizace. Dvě tandemové repetice a dva typy transpozonů byly odlišně rozložené na chromozomu Y než na ostatních chromozomech, což nasvědčuje existenci specifických evolučních procesů formujících chromozom Y. Pomocí RT-PCR byla studována aktivita nejrozšířenějších transponovatelných elementů se zřetelem na rozdíly mezi pohlavími. Bylo zjištěno, že samčí a samičí jedinci exprimují odlišné sekvenní varianty těchto transpozonů. Čtyři hlavní typy transpozonů byly také amplifikovány na mikrodisektovaných chromozomech X, Y a autozomech s cílem analyzovat sekvenční diverzitu chromozomově specifických, pohlavně specificky exprimovaných a genomových kopií. Kromě studia evoluce pohlavních chromozomů jsem v rámci doktorského studia vycestoval na zahraniční stáž, kde jsem se věnoval studiu využití nové DNA vázající proteinové domény pro cílenou modifikaci genů. Transkripci aktivující efektory (angl. transcription activator-like effectors, TALEs) jsou virulenční faktory pocházející z bakterií rodu Xanthomonas spp. parazitujících na rostlinách a vyvolávají onemocnění aktivací specifických rostlinných genů.