Identifikace a studium funkce mikroRNA s prediktivním a prognostickým významem u pacientů s kolorektálním karcinomem - Vychytilová, Petra, 1987-; Slabý, Ondřej, 1981-; Masarykova univerzita. Ústav biochemie (2011)
Východisko: Kolorektální karcinom patří mezi nejčetnější nádorová onemocnění v České republice a je druhou nejčastější příčinou nádorových úmrtí v západních zemích. Jedním z hlavních důvodů vysoké mortality je nedostatečná klasifikace. Současné studie proto usilují o nalezení nových specifických biomarkerů, které by umožnily spolehlivě odlišit jednotlivá klinická stádia tohoto onemocnění. Jednou z možných variant se jeví využití rozdílných expresních profilů miRNA. Metody: S využitím TaqMan® Array Human MicroRNA Set Cards v2.0. byly analyzovány expresní profily 667 miRNA u 63 pacientů s CRC a u 8 zdravých střevních sliznic. Exprese všech miRNA byla normalizována pomocí referenčního genu RNU48 a data byla dále zpracována pomocí standardních i vícedimenzionálních biostatistických metod v prostředí R (projekt Bioconductor, statistický balíček LIMMA). Součástí studie byly též in vitro funkční analýzy, jejichž cílem bylo optimalizovat tranzientní transfekci pre-miRNA do buněčné linie DLD-1
Objectives: Colorectal cancer (CRC) is one of the most common types of cancers in the Czech Republic and it is the second leading cause of cancer-related deaths in the Western countries. One of the main reasons for high mortality is insufficient classification. That is the reason why several efforts have been made to find new biomarkers in order to differentiate particular clinical stages of this disease. One possible way is to use different expression profiles of microRNA (miRNA). Methods: To investigate the expression profile of 667 miRNA in 63 colorectal cancer samples and in 8 adjacent normal tissue samples we used TaqMan® Array Human MicroRNA Set Cards v2.0. Expression of miRNA was normalized using the expression of the housekeeping gene RNU48 and data was statistically analyzed using R (project Bioconductor, LIMMA). In vitro functional analyses enabled us to optimize transient transfection of pre-miRNA into DLD-1 cells using LipofectamineTM 2000. Furthermore the effect of miRNA t
Vedoucí práce: Ondřej Slabý
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2011
Keywords: expresní profily; in vitro analýzy; kolorektální karcinom; miRNA (nukleová kyselina); transfekce; colorectal carcinoma; expression profiles; in vitro analyses; microRNA; transfection; diplomové práce; master's theses