In silico predikce vazebných vlastností lektínu RS20L - Ďurech, Michal (2011)
Táto práca bola zameraná na in silico štúdium väzbových vlastností lektínu RS20L metódou molekulárneho dokovania a simuláciou molekulovej dynamiky. Lektín obsahuje dva typy väzbových miest, ktoré sa pravdepodobne líšia v sacharidovej špecifite. V žliabkovom mieste boli identifikované tri molekuly vody, ktoré by potenciálne mohli sprostredkovať interakciu medzi lektínom a sacharidom, z ktorých dve boli potvrdené analýzou hustoty vody zo simulácie molekulovej dynamiky. Prítomnosť molekúl vody v relatívne plytkom žliabkovom väzbovom mieste znemožnila ďalšiu predikciu sacharidovej špecifity, keďže pri väzbe rôznych sacharidov je možná rozdielna poloha molekúl vody. Vo vreckovom väzbovom mieste bola molekulárnym dokovaním identifikovaná prítomnosť jednej molekuly vody sprostredkujúcej interakciu lektínu so sacharidom. Analýza hustoty vody zo simulácie MD jej prítomnosť nepotvrdila, preto možno usudzovať na určitú špecifitu vreckového miesta pre rozpoznanie špecifického sacharidu. Pomocou do