Studium oligomerizace proteinů s využitím moderních metod - Novotná, Lucie; Wimmerová, Michaela, 1968-; Masarykova univerzita. Ústav biochemie (2011)
Cílem bakalářské práce bylo porovnání metod (zesíťování, analytická ultracentrifugace a gelová permeační chromatografie) pro studium oligomerizace proteinů. Chemické zesíťování zahrnuje vytvoření kovalentní vazby mezi dvěma proteiny pomocí bifunkčního činidla obsahujícího reaktivní koncové skupiny, které reagují s funkčními skupinami aminokyselinových zbytků. Analytická ultracentrifugace umožňuje sledování sedimentace makromolekul v odstředivém poli. Výsledkem sedimentační analýzy je charakterizace sedimentujících částic z hlediska jejich molekulových hmotností a sedimentačního koeficientu. Další použitou metodou byla gelová permeační chromatografie, která separuje látky na základě rozdílné velikosti. Oligomerní stav byl studován u tří proteinů. Dimerní stav BC2L-A byl potvrzen pomocí zesíťování glutaraldehydem a gelové permeační chromatografie. Použitím sedimentační rychlosti byl protein BC2L-A definován jako dimer nekulovitého tvaru. Kvartérní struktura proteinu PA-IIL byla určena z
The aim of this work was comparison of methods (crosslinking, analytical ultracentrifugation and size exclusion chromatography) to study of protein oligomerization. Chemical crosslinking involves the formation of covalent bonds between two proteins by using bifunctional reagents containing reactive end groups that react with functional groups of amino acid residues. Analytical ultracentrifugation allows monitoring the sedimentation of macromolecules in the centrifugal field. The result of sedimentation analysis is the characterization of settling particles in terms of their molecular weight and sedimentation coefficient. Size exclusion chromatography separates substances on basis of different size. Oligomeric state was studied with free proteins. Dimeric state of BC2L-A was confirmed using crosslinking with glutaraldehyde and using SEC. Using sedimentation velocity BC2L-A was defined as a dimer of nonspherical shape. Quaternary structure PA-IIL was determined by crosslinking with comp
Vedoucí práce: Michaela Wimmerová
Bakalářská práce (Bc.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2011
Keywords: analytická ultracentrifugace; bílkoviny; gelová permeační chromatografie; oligomerizace; zesíťování; proteins; bakalářské práce