NMR characterization of protein-protein and protein-cofactor interactions - Kubíček, Karel, 1977-; Sklenář, Vladimír, 1951-2024; Masarykova univerzita. Národní centrum pro výzkum biomolekul (2007)
Předkládaná práce popisuje nejdříve interakci mezi cytochromem c a cytochromem b5, které utváří modelový komplex pro přenos elektronu. Přestože tento komplex byl již v minulosti podroben zevrubnému zkoumání, nebylo dosud možné jej studovat pozorováním cytochromu c. Dále je v této práci popsána interakce mezi měděným iontem a proteinem DR1885 z Deinococcus radiodurans, který se pravděpodobně podílí na vzniku CuA centra oxidázy cytochromu c. V průběhu mého studia jsem se zabýval především nukleární magnetickou resonancí (NMR), ale současně jsem využil i jiných fyzikálně-chemických metod používaných v moderní strukturní biologii. Stručným popisem těchto technik se zabývá Kapitola 7. Jak jsem již zmínil, interakci mezi cytochromem c a b5 nebylo možné v minulosti studovat pomocí 1H-15N NMR cytochromu c, protože až do nedávna nebylo možné exprimovat aktivní cytochrom c v množstvích, která by umozňovala jeho případné obohacení isotopem dusíku 15N a následné použití v NMR.
The here presented work provides first further information on the interaction between cytochrome c and cytochrome b5 that are forming a model electron transfer complex which has never before been studied from the side of cytochrome c. Secondly, interaction of a copper with protein DR1885 from Deinococcus radiodurans, that is probably involved in the assembly of CuA center of bacterial cytochrome c oxidase is described. The technique mainly used during my Ph. D. training is NMR spectroscopy but other physico-chemical methods utilized in modern structural biology have been applied as well and are briefly described in Chaper 7. Although the interaction of cytochrome b5 and cytochrome c has been intensively studied in the past, the possibility to study the complex formed by these two proteins by 1H-15N NMR of cytochrome c was lacking because, until recently, it was difficult to express the cytochrome c in conditions and yields suitable to label it with 15N.
Vedoucí práce: Vladimír Sklenář
Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2007
Keywords: nukleární magnetická rezonance; titrace; nuclear magnetic resonance; titration; disertace; CD-ROM