Torsion Angle Dependence of 31 P NMR Parameters in a Nucleic Acid Backbone Studied by Density Functional Theory - Pavlíková Přecechtělová, Jana, 1980- (2010)
Tato práce se zabývá studiem vztahů mezi parametry nukleární magnetické rezonance (NMR) pro isotop P-31 a konformací páteře nukleových kyselin pomocí teorie funkcionálu hustoty (density functional theory, DFT). Studium bylo inspirováno nedostatkem experimentálních NMR dat, které mohou být použity jako okrajové podmínky při určování struktur nukleových kyselin. Přestože NMR experimenty prokázaly potenciál chemických posunů P-31 poskytnout strukturní informace, praktické použití NMR parametrů P-31 není ve strukturních studiích příliš časté. Konformaci páteře nukleových kyselin určuje šest torzních úhlů, jejichž vliv na chemické stínění fosforu nebyl dosud analyzován. Pro studium závislosti NMR parametrů P-31 na torzních úhlech alpha a zeta, které určují konformaci okolo P-O vazeb ve fosfátových skupinách nukleových kyselin, byly použity statické DFT výpočty v kombinaci s molekulovou dynamikou (MD). Fitováním statisticky zpracovaných MD/DFT dat byly získány jednoduché funkce, které pop ...