Structure-functional analysis and molecular modeling of interactions of bacterial lectins and saccharides - Adam, Jan (2010)
Tato disertační práce pojednává o lektin-sacharidových interakcíchm kterými se zabývá z pohledu experimentálního i výpočetního. Prostřednictvím strukturně-funkční studií bylo zkoumáno vazebné chování bakteriálních lektinů z rodiny PA-IIL, zejména pak principy řídící specifitu k jednotlivým monosacharidovým ligandům, a vztah jemných strukturních změn a jimi způsobovaných výrazných změn specifity. Toho bylo dosaženo designováním mutantů a popisem jejich vazebných schopností. Termodynamika vazebného chování lektinu CV-IIL a PA-IIL mutantů „na vazebné smyčce specifity“ - S22A, S23A a G24N byla stanovena izotermální titrační mikrokalorimetrií.Výpočetní část se soustředila na vývoj uživatelsky příjemné metody předpovídání změn afinity a specifity za použití metod in silico mutageneze a molekulového dokování jakožto základu, souběžně pomáhaje s vývojem software TRITON vyvíjeného na našem centru.Výsledky získané v experimentální části byly využity pro validaci metody předpovědi. Po úspěšné val ...