Torsion Angle Dependence of 31 P NMR Parameters in a Nucleic Acid Backbone Studied by Density Functional Theory
Tato práce se zabývá studiem vztahů mezi parametry nukleární magnetické rezonance (NMR) pro isotop P-31 a konformací páteře nukleových kyselin pomocí teorie funkcionálu hustoty (density functional theory, DFT). Studium bylo inspirováno nedostatkem experimentálních NMR dat, které mohou být použity ja...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2010
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/14825/prif_d/ |
| Shrnutí: | Tato práce se zabývá studiem vztahů mezi parametry nukleární magnetické rezonance (NMR) pro isotop P-31 a konformací páteře nukleových kyselin pomocí teorie funkcionálu hustoty (density functional theory, DFT). Studium bylo inspirováno nedostatkem experimentálních NMR dat, které mohou být použity jako okrajové podmínky při určování struktur nukleových kyselin. Přestože NMR experimenty prokázaly potenciál chemických posunů P-31 poskytnout strukturní informace, praktické použití NMR parametrů P-31 není ve strukturních studiích příliš časté. Konformaci páteře nukleových kyselin určuje šest torzních úhlů, jejichž vliv na chemické stínění fosforu nebyl dosud analyzován. Pro studium závislosti NMR parametrů P-31 na torzních úhlech alpha a zeta, které určují konformaci okolo P-O vazeb ve fosfátových skupinách nukleových kyselin, byly použity statické DFT výpočty v kombinaci s molekulovou dynamikou (MD). Fitováním statisticky zpracovaných MD/DFT dat byly získány jednoduché funkce, které pop ... This thesis focuses on the study of the relationships between P-31 nuclear magnetic resonance (NMR) parameters and the conformation of a nucleic acid backbone using density functional theory (DFT) based methods. The work has been inspired by the lack of experimental NMR restraints that can be applied in the nucleic acid structure determination. Although NMR experiments revealed the potential of P-31 chemical shifts to provide structural information, the practical use of P-31 NMR parameters in structural studies is rare. The conformation of a nucleic acid backbone is defined by six torsion angles, the influence of which on the chemical shielding has not been analyzed so far. The dependence of P-31 NMR parameters on backbone torsion angles alpha and zeta, which define the conformation around P-O bonds of the phosphate groups in nucleic acids, has been studied via static DFT calculations combined with molecular dynamics (MD). By means of fitting the statistically analyzed MD/DFT data, si ... |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Vladimír Sklenář |
| Fyzický popis: | 80 s. : il. |