Bioinformatické studium glykosyltransferas z patogenu Mycobacterium tuberculosis - Čtveráčková, Lucie, 1988- (2010)
Struktura proteinu Rv3782 byla predikována programy, které k modelování používají strukturní homologii, Phyre a SWISS-MODEL. Program Phyre pro svůj nejpravděpodobnější model jako matrici vybral B řetězec proteinu pravděpodobné glykosyltranferasy z Bacteroides fragilis BF2801 (PDB ID 3BCV). Program SWISS-MODEL vytvořil model podle řetězce A proteinu polypeptid-α-N-acetylgalaktosaminyltransferasy T2 (PDB ID 2FFU). Modely jsou si podobné a v obou modelech byl objeven strukturní motiv podobný Rossmannově doméně i kyselý motiv na smyčce, tedy motivy odpovídající rodině GT-2, do které je galaktosyltransferasa Rv3782 zařazena. Identifikace vazebného místa byla provedena programem UCFS DOCK, který na proteinu nalezl pouze jedno vazebné místo za použití flexibilního dokování. UDP-Gal se váže větší rigidní částí, což je UDP, a galaktosa je zde flexibilní částí. Nalezené vazebné místo však neodpovídá předpokládanému navázání UDP-Gal na DXD motiv. V budoucnu bych se proto chtěla pokusit ...