Příprava proteinových vzorků z rostlinného materiálu pro LC-MS analýzu - Stejskal, Karel (2010)
Předložená práce je zaměřena na hodnocení faktorů ovlivňujících kvalitu proteinového vzorku získaného z rostlinného materiálu a optimalizaci postupů přípravy vzorku pro LC-MS/MS analýzu. Jako modelový organismus byla použita rostlina Arabidopsis thaliana. Rostliny, jakožto složitý mnohobuněčný organizmus, obsahují mnoho látek proteinové i neproteinové povahy, které mohou negativně ovlivnit výsledek přípravy proteinového vzorku, jeho analýzy a následně i výsledky celého experimentu. V práci byly srovnány vybrané postupy izolace proteinů z rostliny. Následně byly optimaliozovány tři varianty postupů přípravy proteinového peletu v kombinaci s LC-MS/MS analýzou. Kombinací všech tří postupů bylo identifikováno 524 proteinů. Na základě znalosti pI identifikovaných proteinů bylo zjištěno, že 12 % proteinů (pI > 10) by nebylo možné separovat a následně identifikovat ve vzorku pomocí klasické dvou-rozměrné gelové elektroforézy.