Protein structure and function studied by NMR spectroscopy and MD simulations - Macek, Pavel, 1977- (2009)
Rentgenová difrakce a nukleární magnetická resonance (NMR) jsou dvě hlavní techniky používané pro určování struktury makromolekul na atomární úrovni. V mnoha případech je funkce makromolekul závislá na tranzitním stavu. V těchto případech je dynamický popis nezbytný k pochopení funkce molekuly. NMR a molekulárně dynamické (MD) simulace jsou techniky používané k propojení statické struktury a dynamiky nutné pro funkci makromolekul. Tato práce byla zaměřena na vyřešení struktury Mason-Pfizer opičího viru pomocí NMR spektroskopie a na interpretaci rozdílů v NMR dynamických parametrech mezi APO- a HOLO- (s navázaným proteinem) formou hlavního myšího proteinu-I na atomární úrovni pomocí MD simulací. Pomocí NMR byla vyřešena struktura s vysokým rozlišením N-terminální domény (NTD) retrovirálního kapsidového proteinu (CA) z Mason-Pfizerova opičího viru (M-PMV), patřícího do druhu Betaretrovirů.