Protein structure and function studied by NMR spectroscopy and MD simulations - Macek, Pavel, 1977-; Sklenář, Vladimír, 1951-2024; Masarykova univerzita. Národní centrum pro výzkum biomolekul (2009)
Rentgenová difrakce a nukleární magnetická resonance (NMR) jsou dvě hlavní techniky používané pro určování struktury makromolekul na atomární úrovni. V mnoha případech je funkce makromolekul závislá na tranzitním stavu. V těchto případech je dynamický popis nezbytný k pochopení funkce molekuly. NMR a molekulárně dynamické (MD) simulace jsou techniky používané k propojení statické struktury a dynamiky nutné pro funkci makromolekul. Tato práce byla zaměřena na vyřešení struktury Mason-Pfizer opičího viru pomocí NMR spektroskopie a na interpretaci rozdílů v NMR dynamických parametrech mezi APO- a HOLO- (s navázaným proteinem) formou hlavního myšího proteinu-I na atomární úrovni pomocí MD simulací. Pomocí NMR byla vyřešena struktura s vysokým rozlišením N-terminální domény (NTD) retrovirálního kapsidového proteinu (CA) z Mason-Pfizerova opičího viru (M-PMV), patřícího do druhu Betaretrovirů.
X-ray crystallography and nuclear magnetic resonance (NMR) are two main techniques used for determining the structures of macromolecules at atomic level. However, in many cases the macromolecular function is dependent on transition state adapted from ground state by conformational rearrangement. In such cases the dynamic description is necessary for the understanding of the molecular function. NMR and molecular dynamics (MD) simulations are techniques used to bridge the static structure and dynamics dependent function of macromolecules. This work was focused on the solving the solution structure of the Mason-Pfizer monkey virus using the NMR spectroscopy and on interpreting the difference of NMR derived dynamic parameters between the APO- and HOLO- (ligand-bound) form of mouse major urinary protein-I on atomic level using MD simulations.
Vedoucí práce: Vladimír Sklenář.
Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2009.
Keywords: bílkoviny; molekulární dynamika; nukleární magnetická rezonance; molecular dynamics; nuclear magnetic resonance; proteins; disertace