Studium substrátové specifity halogenalkan dehalogenáz metodou virtuálního screeningu - Daniel, Lukáš (2009)
Virtuální screening je důležitou metodou umožňující hledání nových biologicky aktivních látek na základě předpovědi jejich vazby s receptorem s využitím počítačového programu. Tato práce je zaměřena na mapování současných postupů, předpokladů a limitací jednotlivých metod v této oblasti. Vyzdviženy jsou důležité kroky ve výběru struktury receptoru, sady testovaných látek a modelování ligand-receptorového komplexu. Metody virtuálního screeningu byly prakticky aplikovány na enzym halogenalkan dehalogenázu DhaA. Celkově bylo vybráno a virtuálně „testováno“ 974 molekul. Bylo zjištěno, že nejméně 16 molekul se potenciálně lépe váže do aktivního centra enzymu než známé substráty. Budou-li výsledky screeningu potvrzeny experimentálně, rozšíří nalezené ligandy substrátovou specifitu DhaA enzymu o zcela nové třídy molekul.