Diferenční gelová elektroforéza (2-D DIGE) a její využití v onkologické proteomice
2-D DIGE je metodou značení komplexních proteinových směsí fluorescenčními barvami před jejich následnou separací pomocí dvourozměrné gelové elektroforézy, usnadňující detekci a kvantifikaci separovaných proteinů. Tato technologie byla aplikována na membránové frakce buněk HFs a CARs infikovaných čt...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2009.
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/211376/prif_b/ |
| Shrnutí: | 2-D DIGE je metodou značení komplexních proteinových směsí fluorescenčními barvami před jejich následnou separací pomocí dvourozměrné gelové elektroforézy, usnadňující detekci a kvantifikaci separovaných proteinů. Tato technologie byla aplikována na membránové frakce buněk HFs a CARs infikovaných čtyřmi různými viry a virovými vektory (HCMV Merlin, RCMV 1149 (ΔUL141), RAd587 (UL141), RAd592 (CTRL)), které se lišily v obsahu genu UL141. Jednotlivé proteinové vzorky byly označeny kyanidovými barvami (Cy2, Cy3 a Cy5), smíchány dohromady a separovány na 2-DE gelech. Směsné vzorky značené barvou Cy2 byly použity jako tzv. interní standardy. Po 2-DE byl každý vzorek zvlášť naskenován a vizualizován díky rozdílným excitačním a emisním vlnovým délkám kyanidových barev. Pomocí speciálního počítačového programu PDQUEST byly dále identifikovány rozdíly v proteinové expresi mezi jednotlivými vzorky. 2-D DIGE is a method for labelling complex protein mixture with fluorescent dyes prior to their subsequent two-dimensional gel electrophoresis separation, which simplifies the process of detecting and quantifying separated proteins. This technique was applied to membrane fractions from HFs and CARs cells infected by four viruses and viral vectors (HCMV Merlin, RCMV 1149 (ΔUL141), RAd587 (UL141), RAd592 (CTRL)), that differed in gene UL141. Individual protein samples were labeled by cyanine dyes (Cy2, Cy3 and Cy5), mixed together and separated on 2-DE gels. Mixed samples labeled by Cy2 served as internal standard. After 2-DE protein separation, each of the gel was scanned and visualized independently by selecting the individual excitation and emission wavelengths for each cyanine dye. Differences in protein expression between samples were identified by using PDQUEST software. Our effort was particularly focused on detection of two membrane proteins, CD155 and CD112. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Pavel Bouchal. |
| Fyzický popis: | 44 l. |