Variabilita a využití DNA markerů při studiu fylogeneze dvoukřídlých (Diptera) na různých taxonomických úrovních - Bejdák, Petr; Vaňhara, Jaromír, 1947-; Masarykova univerzita. Ústav experimentální biologie (2008)
U zástupců dvoukřídlých na různých taxonomických úrovních se zaměřením na čeleď Tachinidae byly získány sekvence čtyř mitochondriálních DNA-markerů (parciální sekvence genů Cyt b, CO I, 12S a 16S rDNA). Byla posuzována jejich variabilita na taxonomických úrovních v rámci druhu T. Magnicornis, mezi druhy rodu Tachina, rody tribu Tachinini, triby podčeledi Tachininae a čeleděmi dvoukřídlých. Pro jednotlivé markery byly na jednotlivých taxonomických úrovních zkonstruovány fylogenetické stromy pomocí Bayesovské analýzy. Byly porovnávány topologie stromů a spolehlivost větví mezi jednotlivými markery. Kromě toho byla na každé úrovni provedena kombinovaná analýza na základě spojené sekvence všech čtyř markerů. Odhad substituční saturace byl proveden pro každý marker porovnáním četnosti tranzicí a transverzí v sekvencích na různých taxonomických úrovních. DNA byla extrahována z několik let starého muzejního materiálu. U některých vzorků se vyskytovaly problémy s PCR, zejména u markerů s delší.
Sequences of four mitochondrial DNA markers (partial sequences of genes CO I, Cyt b, 12S and 16S rDNA) have been obtained in selected representatives of Diptera at different taxonomic levels focused mainly on the family Tachinidae. The variability of the sequences has been evaluated at different taxonomic levels: within the species T. magnicornis, among species of the genus Tachina, among genera of the tribe Tachinini, among tribes of the subfamily Tachininae and among Diptera families. Phylogenetic trees have been constructed for each marker at different taxonomic levels via Bayesian analysis. Topologies of trees and reliability of branches have been compared among the used markers. Furthermore, a combined analysis based on connected sequences of all four markers has been performed at each level. Estimates of substitution saturation have been performed for each marker via comparing the frequencies of transitions and transversions at different taxonomic levels. The DNA has been extract.
Vedoucí práce: Jaromír Vaňhara.
Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2008.
Keywords: dvoukřídlí; fylogeneze živočichů; molekulární genetika; animal phylogeny; Diptera; molecular genetics; diplomové práce; master's theses