Computational study of pseudorotaxane complexes - Střelcová, Zora (2008)
Diplomová práce se věnuje studiu pseudorotaxanových komplexů s využitím metod výpočetní chemie. Pseudorotaxany jsou supramolekulární komplexy obsahující makrocyklickou sloučeninu (tzv. kolečko) navléknutou na lineární molekulu (tzv. osu). Předmětem zkoumání byly pseudorotaxany, v nichž je kolečko tvořeno molekulou cucurbit[n]urilu a osou je derivát 4,4’-bipyridinu. Studované osy obsahují na svých koncích dvě karboxylové skupiny, což umožňuje existenci tří protonačních stavů. Jejich změna může být kontrolována změnou pH, což přímo ovlivňuje polohu kolečka na ose. Komplex se pak chová jako supramolekulární přepínač. Jednotlivé pseudorotaxany a jejich složky byly studovány metodami molekulové dynamiky ve třech různých prostředích (vakuum, voda a iontový roztok). Celková délka simulací ve vakuu činila 4 μs, zatímco ve vodě a iontovém roztoku 400 ns. Získané výsledky byly analyzovány s cílem popsat důležité dynamické vlastnosti systému. Flexibilita systémů byla studována pomocí rotačního ...