Structure and dynamics of rRNA a computational study - Rázga, Filip, 1979- (2007)
V predkladanej dizertačnej práci sumarizujem výsledky systematického štúdia štruktúrnej dynamiky a molekulových interakcií rRNA molekúl (napr.: RNA Kink turn motívy, GTPase associated center rRNA a Helix 44 z 16S rRNA), za použitia širokej palety metód Molekulovej Dynamiky (MD). RNA motívy nazývané Kink turny (K-turn) sú asymetrické vnútorné loopy, charakteristické ostrým zahnutím fosfodiesterového skeletu. K-turny sa často nachádzajú v blízkosti kľúčových miest ribozómu. Uskutočnili sme rozsiahlu, počítačovú, štruktúrno-dynamickú štúdiu vybraných K-turn motívov za prítomnosti explicitného solventu. Použitím súčasných výpočtových techník dopĺňame znalosti o štruktúrnom a dynamickom správaní týchto RNA na atomárnej úrovni, a výrazne tak obohacujeme dostupné informácie o molekulových interakciách v ribozóme. Zistili sme, že RNA Kink turn motívy sú konštruované ako flexibilné, molekulové nano-kĺby, schopné umožniť biologicky významné pohyby rôznych častí ribozómu počas jednotlivých kroko.