Vliv superhelicity a lokálních otevřených struktur na interakci nádorového supresoru p53 s DNA - Tichá, Olga (2007)
Smyslem naší práce bylo navázat na predchozí studium interakcí proteinu p53 s lokálními otevrenými strukturami, které zapocalo studiem vazby centrální domény na krížovou strukturu v plazmidu s vloženou sekvencí (AT)34 elektronovou mikroskopií a silovou rastrovací mikroskopií (Cherny aj., 1999; Jett aj., 2000) a výzkumem interakce standardního a mutantního proteinu p53 s triplexem DNA. Vybrali jsme si ke studiu triplex typu TAT, protože podmínky jeho vzniku jsou blízké podmínkám fyziologickým 25 - 37C, pH 8, 1mM MgCl2. V této práci byla objevena strukturne specifická vazba proteinu wtp53 a mutantního proteinu G245S na intermolekulární triplex (dT)50.(dA)50.(dT)50. Intermolekulární triplex byl tvoren oligonukleotidy pri výše zmínených podmínkách a vazba byla studována pomocí radioaktivní EMSA. Dále byla zkoumána vazba proteinu wtp53 na plazmidovou DNA se sekvencí tvorící triplex - pUC19/T69 pomocí retardacní analýzy v agarózovém gelu. Tvorba triplexu v tomto plazmidu byla ukázána jako ve.